Το πραξικόπημα κατά του Μακαρίου, που εκδηλώθηκε στις 15 Ιουλίου 1974, ήταν αιματηρό και χρειάστηκε δύο ημέρες για να επικρατήσει πλήρως. Σε συνδυασμό με τη διαφυγή του Μακαρίου, δεν άφησε τους χουντικούς συνωμότες να χαρούν τον «θρίαμβό» τους. Την αρχική ευφορία διαδέχθηκε η αμηχανία και στη συνέχεια η ανησυχία και η αναστάτωση. Τα γεγονότα είχαν λάβει διαφορετική τροπή απ’ ότι υπολόγιζαν.
Οι σχέσεις της ελληνικής χούντας και ιδιαίτερα του ισχυρού άνδρα της ταξιάρχου Δημητρίου Ιωαννίδη με τον αρχιεπίσκοπο Μακάριο ήταν ιδιαίτερα τεταμένες. Ο Ιωαννίδης πίστευε ότι ο Μακάριος είχε απεμπολήσει την «Ένωση», ήταν φιλοκομμουνιστής και φοβόταν το πνεύμα ανεξαρτησίας του. Από τον Απρίλιο του 1974 εξύφαινε σχέδιο για την ανατροπή του. «Πρέπει να τελειώνουμε με τον Μούσκο» φέρεται να είπε σε συγκέντρωση αξιωματικών στο σπίτι του πρωθυπουργού Αδαμάντιου Ανδρουτσόπουλου (Μιχαήλ Μούσκος ήταν το κοσμικό όνομα του Μακαρίου).
Ο Μακάριος είχε προειδοποιηθεί για τα σχέδια του Ιωαννίδη από τον Ευάγγελο Αβέρωφ και άλλους Ελλαδίτες πολιτικούς παράγοντες, αλλά δεν φαίνεται να έδινε ιδιαίτερη σημασία. Τους φόβους τους για το ενδεχόμενο ενός πραξικοπήματος στη μεγαλόνησο είχαν εκφράσει από το εξωτερικό ο Κωνσταντίνος Καραμανλής και ο Ανδρέας Παπανδρέου. Στην Κύπρο, απλώς είχαν ληφθεί έκτακτα μέτρα για την προστασία παραγόντων της δημόσιας ζωής, λόγω και της δραστηριότητας της ΕΟΚΑ Β'.
Η αφορμή για την επιτάχυνση των εξελίξεων δόθηκε την 1η Ιουλίου 1974, όταν το Υπουργικό Συμβούλιο της Κύπρου αποφάσισε τη μείωση της στρατιωτικής θητείας σε 14 μήνες και του περιορισμού των ελλαδιτών αξιωματικών της Εθνικής Φρουράς. Την επομένη, 2 Ιουλίου, ο Μακάριος με επιστολή του προς τον Έλληνα ομόλογό του στρατηγό Φαίδωνα Γκιζίκη κατηγόρησε την ελληνική κυβέρνηση για ανάμιξη στις εναντίον του συνωμοσίες και αξίωνε να ανακληθούν στην Ελλάδα 650 ελλαδίτες αξιωματικοί, που υπηρετούσαν στην Εθνική Φρουρά της Κύπρου.
επιστολή Μακαριου στον Γκιζίκη:
…Θλίβομαι κύριε πρόεδρε, διότι ευρέθην εις την ανάγκην να είπω πολλά δυσάρεστα δια να περιγράψω εις αδράς γραμμάς με γλώσσα ωμής ειλικρινείας την από μακρού εν Κύπρω υφιστάμενην κατάστασιν . Τούτο όμως επιβάλλει το εθνικόν συμφέρον , το οποίον έχω πάντοτε γνώμονα όλων των ενεργειών και δεν επιθυμώ διακοπήν της συνεργασίας μου μετά της ελληνικής κυβερνήσεως. Δέον, όμως, να ληφθεί υπόψιν,ότι δεν είμαι διορισμένος νομάρχης ή τοποτηρητής εν Κύπρω της ελληνικής κυβερνήσεως αλλά εκλεγμένος ηγέτης μεγάλου τμήματος του ελληνισμού και απαιτώ ανάλογον προς εμέ συμπεριφοράν του εθνικού κέντρου…
Την ίδια ημέρα, σε σύσκεψη στο γραφείο του Αρχηγού των Ενόπλων Δυνάμεων, στρατηγού Μπονάνου, με τη συμμετοχή του Ιωαννίδη, αποφασίστηκε ότι το πραξικόπημα εναντίον του Μακαρίου θα γινόταν τη Δευτέρα 15 Ιουλίου 1974. Ο Μπονάνος ανέθεσε την αρχηγία του πραξικοπήματος στον ταξίαρχο Μιχαήλ Γεωργίτση, με υπαρχηγό τον καταδρομέα συνταγματάρχη Κωνσταντίνο Κομπόκη. Και οι δύο αξιωματικοί υπηρετούσαν στην Εθνική Φρουρά.
Στις 11 Ιουλίου συνήλθε στην Αθήνα το υπουργικό συμβούλιο για να συζητήσει την επιστολή Μακαρίου και αποφασίστηκε να συγκληθεί ευρεία σύσκεψη το Σάββατο 13 Ιουλίου, για να εκτιμηθούν οι επιπτώσεις από την επαπειλούμενη μείωση της στρατιωτικής θητείας στην Κύπρο. Στη σύσκεψη αυτή συμμετείχαν ο Πρόεδρος της Δημοκρατίας στρατηγός Φαίδων Γκιζίκης, ο πρωθυπουργός Αδαμάντιος Ανδρουτσόπουλος, ο αρχηγός των Ενόπλων Δυνάμεων στρατηγός Μπονάνος και ο διοικητής της Εθνικής Φρουράς αντιστράτηγος Γεώργιος Ντενίσης (θείος της γνωστής ηθοποιού Μιμής Ντενίση). Η σύσκεψη, που κράτησε μόλις λίγα λεπτά της ώρα έγινε για το θεαθήναι, για να παραπλανηθεί ο στρατηγός Ντενίσης, ο οποίος ήταν αντίθετος σε ενδεχόμενο πραξικόπημα στην Κύπρο και να αφεθεί ελεύθερο το έδαφος στους δύο υφισταμένους του Γεωργίτση και Κομπόκη να δράσουν ανενόχλητοι στο νησί.
Νωρίς το πρωί της Δευτέρας, 15 Ιουλίου 1974, ο Μακάριος πήρε τον δρόμο της επιστροφής στο Προεδρικό Μέγαρο στη Λευκωσία από την εξοχική του κατοικία στο όρος Τρόοδος, όπου είχε περάσει το Σαββατοκύριακο. Η πομπή του Μακαρίου πέρασε μπροστά από το στρατόπεδο της Εθνικής Φρουράς στην Κοκκινοτριμιθιά, όπου τα τανκς ζέσταιναν ήδη τις μηχανές τους για το επικείμενο πραξικόπημα. Η πομπή του Μακαρίου πέρασε ανενόχλητη από το σημείο εκείνο, χωρίς κάποιο από τα μέλη της συνοδείας του να παρατηρήσει κάτι το ύποπτο.
Στις 8.15 πμ, τα πρώτα τεθωρακισμένα άρχισαν να βγαίνουν από τη βάση τους, με κατεύθυνση το Προεδρικό Μέγαρο. Παράλληλα, μία μοίρα καταδρομών διατάχθηκε να καταλάβει όλα τα επίκαιρα σημεία και τα δημόσια κτίρια. Το πολυαναμενόμενο πραξικόπημα είχε εκδηλωθεί με το σύνθημα «Ο Αλέξανδρος εισήλθε εις το νοσοκομείο».
Την ώρα εκδήλωσης του πραξικοπήματος, ο Μακάριος δεχόταν μια ομάδα ελληνοπαίδων από την Αίγυπτο τα οποια συνοδευε ο μακαρισστος Πατριαρχης Αλεξανδρειας ΠΕΤΡΟΣ Ζ' Κάποιο από τα παιδιά άκουσε τους πυροβολισμούς, αλλά ο Μακάριος τα καθησύχασε. Όταν τα πυρά πύκνωσαν και το Προεδρικό Μέγαρο άρχισε να κανονιοβολείται από τα τεθωρακισμένα της Εθνικής Φρουράς, ο Μακάριος, αφού προστάτευσε πρώτα τους μικρούς του επισκέπτες, στη συνέχεια διέφυγε από τη μοναδική αφύλακτη δίοδο, που υπήρχε στα δυτικά του Προεδρικού Μεγάρου.
Με τη βοήθεια τριών σωματοφυλάκων του και ντυμένος με πολιτικά ρούχα, ακολούθησε την κοίτη ενός παρακείμενου χειμάρρου και κάτω από μυθιστορηματικές συνθήκες έφθασε στη Μονή Κύκκου. Εκεί, ξεκουράστηκε για λίγο και στη συνέχεια πήρε τον δρόμο για την Πάφο. Το ερώτημα που πλανάται από τότε είναι γιατί οι πραξικοπηματίες δεν απέκλεισαν ολοκληρωτικά το Προεδρικό Μέγαρο, αλλά άφησαν αφύλακτη μία δίοδο, από την οποία διέφυγε ο Μακάριος. Ο συνταγματάρχης Κομπόκης, που είχε το γενικό πρόσταγμα της επίθεσης, ισχυρίζεται ότι είχε εντολές να αφήσει ελεύθερη μία δίοδο για τη διαφυγή του Μακαρίου, ενώ ο επικεφαλής του πραξικοπήματος ταξίαρχος Γεωργίτσης επικαλέστηκε την έλλειψη δυνάμεων.
Μέχρι το μεσημέρι, οι πραξικοπηματίες είχαν θέσει υπό τον έλεγχό τους σχεδόν ολόκληρη τη Λευκωσία, παρά την αντίδραση των πολιτοφυλάκων της ΕΔΕΚ του Βάσου Λυσαρίδη και του Εφεδρικού Στρατού, που αποτελούνταν αποκλειστικά από Ελληνοκυπρίους. Αμέσως άρχισαν να αναζητούν το πρόσωπο που θα αναλάμβανε την Προεδρία της Κυπριακής Δημοκρατίας. Βολιδοσκοπήθηκαν τρεις ανώτατοι δικαστικοί και ο Γλαύκος Κληρίδης, οι οποίοι αρνήθηκαν. Τελικά, ο Γεωργίτσης κατέληξε στον δημοσιογράφο και παλαιό αγωνιστή της ΕΟΚΑ Νίκο Σαμψών, μία από τις πλέον αμφιλεγόμενες προσωπικότητες στην ιστορία του Κύπρου. Όταν το πληροφορήθηκε ο Ιωαννίδης φέρεται να είπε με αγανάκτηση: «500.000 Έλληνες υπάρχουν στην Κύπρο, αυτόν βρήκατε να κάνετε πρόεδρο».
Κι ενώ οι πραξικοπηματίες θεωρούσαν τον Μακάριο νεκρό και το ανακοίνωναν συνεχώς μέσω του ΡΙΚ, αυτός ήταν ζωντανός και απηύθυνε μήνυμα μέσω ενός αυτοσχέδιου ραδιοσταθμού της Πάφου:
Ελληνικέ Κυπριακέ Λαέ! Γνώριμη είναι η φωνή που ακούεις. Γνωρίζεις, ποιος σου ομιλεί. Είμαι ο Μακάριος. Είμαι εκείνος, τον οποίο συ εξέλεξες δια να είναι ο ηγέτης σου. Δεν είμαι νεκρός. Είμαι ζωντανός. Και είμαι μαζί σου, συναγωνιστής και σημαιοφόρος εις τον κοινόν αγώνα. Το πραξικόπημα της χούντας απέτυχε. Εγώ ήμουν ο στόχος της και εγώ, εφόσον ζω, η Χούντα εις την Κύπρον δεν θα περάση. Η Χούντα απεφάσισε να καταστρέψη την Κύπρο.Να την διχοτομήση.Αλλά δεν θα το κατορθώση.Πρόβαλε παντοιοτρόπως αντίστασιν εις την Χούντα. Μη φοβηθής. Ενταχθήτε όλοι εις τα νομίμους δυνάμεις του κράτους. Η Χούντα δεν πρέπει να περάση και δεν θα περάση. Νυν υπέρ πάντων ο αγών!
Μέχρι το πρωί της 16ης Ιουλίου όλη η Κύπρος βρισκόταν υπό τον έλεγχο των πραξικοπηματιών. Το τίμημα του πραξικοπήματος ήταν βαρύ. Οι νεκροί από την αδελφοκτόνα διαμάχη έφθασαν τους 450. Ο Μακάριος, αφού διανυκτέρευσε στο στρατόπεδο της ειρηνευτικής δύναμης του ΟΗΕ στην Πάφο, επιβιβάστηκε σε αγγλικό στρατιωτικό αεροπλάνο και δια μέσου της Μάλτας έφθασε στο Λονδίνο, όπου την επομένη, 17 Ιουλίου, συναντήθηκε με τον Βρετανό πρωθυπουργό Χάρολντ Ουίλσον και τον Υπουργό Εξωτερικών Τζέιμς Κάλαχαν.
Όσον αφορά τις διεθνείς αντιδράσεις για το πραξικόπημα, η Μεγάλη Βρετανία τήρησε επιφυλακτική στάση και συνέστησε «αυτοσυγκράτηση». Οι Ηνωμένες Πολιτείες ζήτησαν την υποστήριξη της ανεξαρτησίας της Κύπρου και κάλεσαν όλα τα κράτη να πράξουν το ίδιο, ενώ ο Υπουργός Εξωτερικών Χένρι Κίσιγκερ απέρριψε πρόταση για υποστήριξη του ανατραπέντος καθεστώτος Μακαρίου. Στην Αθήνα, ο Υπουργός Εξωτερικών Κωνσταντίνος Κυπραίος δήλωσε, μεταξύ άλλων, ότι «αι πρόσφατοι εξελίξεις εν Κύπρω αποτελούν υπόθεσιν ανεξαρτήτου κράτους, μέλους των Ηνωμένων Εθνών».
Οι Τουρκοκύπριοι παρέμειναν απαθείς, καθώς θεώρησαν ότι το πραξικόπημα ήταν καθαρά υπόθεση των Ελληνοκυπρίων. Την ίδια ημέρα με την εκδήλωση του πραξικοπήματος, η Τουρκία έθεσε τις στρατιωτικές δυνάμεις της σε επιφυλακή, γιατί όπως δηλώθηκε ανετράπη η συνταγματική τάξη στο νησί. Στην Άγκυρα συνήλθε το Συμβούλιο Εθνικής Ασφαλείας με αφορμή την κατάσταση στην Κύπρο. Οι στρατιωτικοί διαβεβαίωσαν τον πρωθυπουργό Μπουλέντ Ετσεβίτ ότι θα είναι έτοιμοι για απόβαση στην Κύπρο μέσα σε πέντε ημέρες.
