Ηταν που ήταν στραβό το (προεκλογικό) κλήμα για τη Ν.Δ., προέκυψε και θέμα «μη καθαρών» ψηφοδελτίων και μάλιστα με παρέμβαση του ίδιου του γραμματέα του κόμματος Λευτέρη Ζαγορίτη, μόλις έξι μέρες πριν από τις εκλογές.
Στην προσπάθειά του να πείσει τους δυσαρεστημένους ψηφοφόρους από προσωπικές συμπεριφορές να επιστρέψουν στη Ν.Δ., τους κάλεσε να μην τιμωρήσουν την παράταξη αλλά να μαυρίσουν όσα από τα στελέχη ενόχλησαν και συνεχίζουν να είναι στα ψηφοδέλτια. Δεν κόπηκαν όλοι
Η θέση του αυτή προκάλεσε θύελλα αντιδράσεων. Σε μια στιγμή που η συσπείρωση είναι το μεγάλο ζητούμενο, ο Κώστας Καραμανλής σε όλες τις συνεντεύξεις του επιχειρούσε να στείλει το μήνυμα ότι η αυτοκάθαρση επετεύχθη, δεν υπήρξαν ποινικές ευθύνες και αυτοί που μπήκαν στα ψηφοδέλτια κρίθηκαν με βάση τη συνολική τους διαδρομή, ο γραμματέας της Κ.Ε. της Ν.Δ. δήλωσε ότι δεν κόπηκαν τελικά όλοι όσοι έπρεπε και αυτούς που δεν έκοψε το κόμμα ας τους μαυρίσουν οι ψηφοφόροι. Το ίδιο ζήτησε ο υποψήφιος βουλευτής στη Β' Αθήνας Γεράσιμος Γιακουμάτος, ενώ οι Βύρων Πολύδωρας, Φάνη Πάλλη-Πετραλιά και Κυριάκος Μητσοτάκης άσκησαν κριτική στον Ζαγορίτη, υποστηρίζοντας ότι η αυτοκάθαρση προχώρησε και δεν είναι ώρα να καλεί τους ψηφοφόρους να μαυρίσουν βουλευτές.