Η ιστορία της εκκλησίας της Αλεξάνδρειας μπορεί να διαιρεθεί στις επόμενες περιόδους: οι πρώτοι τρεις αιώνες (δηλαδή από την ίδρυση της από τον Απόστολο Μάρκο έως την πρώτη Οικουμενική Σύνοδο το 325 μ.Χ.) από την πρώτη Οικουμενική Σύνοδο στην αραβική κατάκτηση της Αιγύπτου το 642. Από την αραβική κατάκτηση της Αιγύπτου στο σχίσμα του 867. Από το σχίσμα του 867 έως το 1517 (όταν βρέθηκε η Αίγυπτος κάτω από τον ζυγό των Τούρκων). Από την τουρκική κατάκτηση στην απελευθέρωση της Ελλάδας από τον τουρκικό ζυγό το 1821 και από το 1821 μέχρι σήμερα.
Περίοδος πρώτης εκκλησίας και διωγμών
Ο Άγιος Μάρκος ένθρονος - Tiziano 1510 (Church of Santa Maria della Salute, Venice)Ο χριστιανισμός έκανε νωρίς την εμφάνισή του στην Αλεξάνδρεια, μέσω των Εβραίων της Διασποράς, οι οποίοι είχαν από καιρό μια ακμάζουσα κοινότητα στην περιοχή.
Ιδρυτής της αλεξανδρινής εκκλησίας θεωρείται ο Απόστολος Μάρκος.Η εκκλησιαστική παράδοσή θέλει το Μάρκο να ήρθε στην Αλεξάνδρεια το έτος 42 οπότε και ίδρυσε την εκκλησία της Αλεξάνδρειας, και ήταν ο πρώτος επίσκοπός της για 22 έτη. Ο Μάρκος πέθανε ενώ σερνόταν μέσω των οδών της Αλεξάνδρειας από τον ειδωλολατρικό όχλο, και θάφτηκε σε ένα κοντινό χωριό. Το έτος 828, Ενετοί έμποροι μετέφεραν τα λείψανά του στη Βενετία, και από τότε θεωρείται ως προστάτης της πόλης.
Ο Ανιανός, συνοδός του Μάρκου και δεύτερος επίσκοπος της Αλεξάνδρειας ήταν σε θέση να επεκτείνει τις χριστιανικές βάσεις που έθεσε ο Μάρκος και να παραγάγει σημαντικά πνευματικά επιτεύγματα στην καθιέρωση του χριστιανικού λόγου.
Ο χριστιανισμός βρήκε θετική ανταπόκριση μεταξύ των Εβραίων, και επίσης μεταξύ των Ελλήνων. Ο τοπικός πληθυσμός της Αιγύπτου, αφ' ετέρου, δεν φαίνεται να είναι πολύ ενθουσιώδης για το νέο μήνυμα που είχε φθάσει στα εδάφη του, ή να διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στη διοίκηση και την οργάνωση της πρώτης χριστιανικής κοινότητας στη χώρα της Αιγύπτου.
Δεν υπάρχει κανένα στοιχείο ως προς το εάν Αιγύπτιοι κατέλαβαν σημαντική θέση στην πρώτη χριστιανική κοινότητα της Αλεξάνδρειας, δεδομένου ότι τα αιγυπτιακά ονόματα δεν εμφανίζονται στους καταλόγους επισκόπων μέχρι το δεύτερο αιώνα.
Το γεγονός είναι, εντούτοις, ότι ακόμη και στα πρώτα έτη της η εκκλησία της Αλεξάνδρειας επέκτεινε τις δραστηριότητές της για να καλύψει όχι μόνο την Αίγυπτο, τη Λιβύη και τις πόλεις της Κυρηναϊκής Πενταπόλεως αλλά και τις υποσαχάριες χώρες της Αφρικής. Πρέπει να σημειωθεί ότι ο πρώτος των επισκόπων της εκκλησίας της Αλεξάνδρειας ήταν ο επίσκοπος της Λιβύης.
Κατά τη διάρκεια των πρώτων δύο αιώνων της χριστιανικής εποχής, η Αλεξάνδρεια υπέφερε από τις διώξεις που βιώθηκαν από όλες τις εκκλησίες στη Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία. Μεγάλος αριθμός Χριστιανών στην κοινωνία της Αλεξάνδρειας υπέφερε τρομερά, συμπεριλαμβανομένου του πατέρα του Ωριγένη Λεωνίδη, ο οποίος μαρτύρησε για τις χριστιανικές πεποιθήσεις του. Πολλοί Χριστιανοί οδηγήθηκαν στο θάνατο και η πόλη της Αλεξάνδρειας δοκίμασε για μεγάλο διάστημα τη φρίκη και το φόβο.
Βυζαντινή περίοδος και αραβοκρατία
Το Πατριαρχείο Αλεξανδρείας είχε τους πιο πολλούς πιστούς έπειτα από το Πατριαχείο Κωνσταντινουπόλεως.
Με τις μονοφυσιτικές έριδες ελαττώθηκε ο πληθυσμός του και οι Κόπτες (Αιγύπτιοι) χωρίστηκαν από τους Ορθοδόξους, τους οποίους ονόμασαν Μελχίτες, γιατί ακολουθούσαν την πίστη του βασιλιά (μέλεχ) της Κωνσταντινουπόλεως. Στο χωρισμό αυτό συνετέλεσαν και φυλετικά αίτια, γιατί το μονοφυσιτισμό ακολούθησαν οι εντόπιοι.
Στην αραβοκρατία (640-1254) η κατάσταση για τους Ορθοδόξους ήταν χειρότερη, γιατί οι Άραβες ευνοούσαν τους Κόπτες οι οποίοι, αν δε βοήθησαν τους Άραβες, έδειξαν παθητική στάση στις αραβικές επιδρομές και την κατάληψη της χώρας.
Ο ορθόδοξος Πατριάρχης Πέτρος Γ' έφυγε και πήγε στην Κωνσταντινούπολη και ο θρόνος έμεινε κενός επί 70 χρόνια. Τότε τα εκκλησιαστικά ιδρύματα και τους ναούς, εκτός από του Αγίου Σάββα στην Αλεξάνδρεια, τα πήραν οι Κόπτες.
Ο Λέων Ίσαυρος έστειλε στην Αλεξάνδρεια Πατριάρχη τον Κοσμά που κατάφερε να ξαναπάρουν οι Ορθόδοξοι τους ναούς και τα δικαιώματα τους.
Από τον Ι' αιώνα οι Έλληνες άρχισαν να εξαφανίζονται από το προσκήνιο και γίνονται αραβόφωνοι Πατριάρχες· οι κάτοικοι έπαιρναν αραβικό χαρακτήρα και ο εξαραβισμένος πληθυσμός ενισχύονταν από τους Σύρους αποίκους.
Το 933 πρώτος αραβόφωνος Πατριάρχης έγινε ο Ευτύχιος που έγραψε χρονικό στην αραβική γλώσσα από την κτίση του κόσμου .
Την εποχή της Δ' Σταυροφορίας υπάρχει πληροφορία ότι ο Πατριάρχης Νικόλαος Γ' ζήτησε με γράμμα τη φιλία του Πάπα Ιννοκεντίου Γ' για να ελαφρώσει από τις δυσκολίες που αντιμετώπιζε.
Δυτικοί ιστορικοί λένε ότι στην Δ' Σύνοδο του Λατερανού παραβρέθηκε και απεσταλμένος του Πατριάρχη. Αυτά όμως δεν τον ωφέλησαν. Οι Σταυροφόροι έκαναν μονάχα μια επιδρομή στην Αίγυπτο (1365) χωρίς να μείνουν εκεί, επηρέαζαν όμως την κατάσταση, γιατί κυριαρχούσαν στις χώρες κοντά στην Αίγυπτο.
Στις αρχές του ΙΔ' αιώνα εγκαταστάθηκε στην Αλεξάνδρεια Λατίνος Πατριάρχης για τους λίγους Ρωμαιοκαθολικούς που υπήρχαν εκεί.
Η θέση των Χριστιανών είχε γίνει ακόμη χειρότερη όταν κυριάρχησαν οι Μαμελούκοι Τούρκοι (1254-1517) οι οποίοι καταδίωκαν τους Χριστιανούς
Όταν κυριάρχησαν στην Αίγυπτο οι Οθωμανοί Τούρκοι τα πράγματα άλλαξαν προς το καλύτερο.
Δεν είναι γνωστό πότε εγκαταστάθηκαν πάλι Έλληνες Πατριάρχες στην Αλεξάνδρεια, αφού από την Άλωση έμεναν στην Κωνσταντινούπολη. Στα πρακτικά της Συνόδου της Φλωρεντίας υπογράφει ο Φιλόθεος, Τοποτηρητής του Θρόνου Αλεξανδρείας.
Εικονα ¨¨¨¨¨ ο Αποστολος Μαρκος στον Πατριαρχικο Θρονο
